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等研究人员、严复、杨守敬等先后进入工作岗位，学校终于进入正常的工作状态。孙元起可以在这个时候歇一口气，静下心来做自己的一些事情。
编译教材是细水长流的活儿，一口吃成胖子是不行的。学校日常工作、每日给学生解答问题都是例行工作。好在有了两笔捐赠，这三万两银子使得学校的财政轻松不少，否则孙元起就得夜夜失眠了。
这些工作占据了孙元起的绝大部分时间。从美国回来，一直到十月底的五六个月的时间里，完全没有心思静下心来攒论文，也没有任何成果发表。这完全不符合西方科学家对这位东方神奇青年的印象：那个远东小子，可是喜欢没事儿就发几篇别人看不懂的长篇论文，或者折腾出新鲜的实验来考验传统自然科学家神经的！
卢瑟福、马丁、罗西这几位教授都知道孙元起在建设一所学校。他们认为，是这些社会性事务耽误了孙元起正常的科学研究，这让卢瑟福等人很不满：要知道，孙元起的很多研究是走~~在世界前沿的，甚至可以说是领导自然科学向前发展的重要人物，怎么能停下脚步去做这些管理性的工作呢？
孙元起乘着这段时间的空闲，决定把量子力学的概念彻底推出来：先从德布罗意波理论入手，用戴维森的低能电子散射实验、汤姆逊的高能电子衍射实验验证物质波的正确，再由此分别建立海森堡矩阵力学、薛定谔波动力学，最后从数学上证明这两种理论的等价性。因为矩阵力学、波动力学这两种理论都是以微观粒子具有波粒二象性为基础的，故可称量子力学。
这篇文章综合了五届诺贝尔物理学奖7位得主的成果：1918年第18届诺贝尔物理学奖得主普朗克的“创立量子论、发现基本量子”；1929年第29届诺贝尔物理学奖得主德布罗意的“提出粒子具有波粒二项性”；1932年第32届诺贝尔物理学奖得主海森堡的“提出量子力学中的测不准原理”；1933年第33届诺贝尔物理学奖得主薛定谔、狄拉克的“建立量子力学中的波动方程”；1937年第37届诺贝尔物理学奖得主汤姆逊、戴维森的“发现电子在晶体中的衍射现象”。由此可见论文的重量，几乎囊括二十世纪前四十年量子力学发展的所有成就。
孙元起这篇论文花了一个多月，洋洋洒洒写了两百多页，取名为《量子力学》，誊清之后便寄送给《Science》杂志社。在信中写到：如果杂志社不刊登此篇论文，请转递给加拿大麦吉尔大学的卢瑟福教授，交付麦吉尔大学出版社印行。
在孙元起寄出论文的时候，O&C事务所已经完成了对经世大学的实地勘测，画好图，收拾起行囊，准备回美国过圣诞和新年。为此，孙元起特地准备了一张两万美元的花旗银行支票。如此一来，孙元起手头便只有不到两万两白银，财源枯竭近在眼前。
按照计划，薇拉、莉莉丝、艾琳娜、妮娜要和O&C事务所一起回美国。因而。这几天四位姑娘一直没有好脸色。自从进入十一月，那剩余十栋半山居的宿舍相继竣工，本着空着也是空着的原则，孙元起便让三所大学的研究人员、O&C事务所事务所、四位姑娘入住了。自己为了保持“后天下之乐而乐”以及“安定军心”的原则，依然住在山脚下的土房子里。
在操场西头也有座不高的山丘，从这座小山顶可以绕到图书馆，直接往下则是到了操场。现今，在这只有六七十米高小山顶上开始修建一所容纳二百五十名学生的宿舍楼。这些都是为安慰学生们军心。
为了欢送O&C事务所归国，全校师生在简陋的食堂里面举行了简单的欢送晚餐会。这是学校里面第一次举行这样的活动，孙元起没有太多的经验，说了几句感谢的话，晚餐就开始了。薇拉、莉莉丝、艾琳娜、妮娜一脸抽抽地坐在一旁，让孙元起心里也不好受。只好以视察的名义，端着酒杯逃到别的餐桌去。
没想到，这完全是才脱虎口，又入狼窝。孙元起作为校长兼老师，随便到哪个桌子，学生都得敬酒。一来二去，还没等宴席结束，孙元起便觉得天旋地转，踉踉跄跄地找个座位坐下，便什么也不知道了。
也不知过了多久，孙元起从醉梦中醒来，梦很旖旎，虽然记不清梦的内容，估计是又梦见以前的小女友了。唉！又要“跑马春梦了无痕”了。想着，不顾头痛欲裂，想褪下内衣。手臂刚动一下，便触到一个温热柔软的肉体。
肉体？幻觉？
再碰一下，没错！是有人。从传来的嘤咛声，还是个女人！
孙元起立马吓得坐起来，早晨的冷风袭上肌肤，这才发现，自己浑身一丝不挂。急忙转头打量：这不是自己的卧室！再打量自己身边，啊——啊！居、居、居然是妮娜这个小萝莉！可能是自己刚才的咸猪手，或者自己起来的冷风冻醒了她，小萝莉正睁大眼睛盯着自己。
“——”孙元起现在嘴巴张得能塞下一个拳头，却发不出一点声音，机械地再看过去，才发现不仅妮娜，薇拉、莉莉丝、艾琳娜都在，一边两个，一个都不少！
是做梦么？孙元起狠狠揪了自己一把，痛得直龇牙。
这个时候，孙元起最想立刻从这里消失。乘着晨光，四处打量自己衣物的所在，孙元起情不自禁叫出一声“苦也”：自己的衣服放在床对面的桌子上。要在小萝莉的注视中，赤身裸体地下床，再穿上衣服，这可需要一定的勇气！
就在孙元起在心中暗暗给自己鼓劲的时候，事情急转直下，薇拉、莉莉丝、艾琳娜都醒了！妮娜人家只是安静地躺在那儿，用纯洁无害的眼光盯着自己；而这三位姑娘就很过分了，一个个都坐起来，拉着被角捂住胸部，一脸含羞带怒的表情，低头不语。结果妮娜也有样学样，坐了起来，用被子捂着花骨朵般青涩的胸部，然后低下头，只是眼神时不时地四处逡巡。
窗外的光亮渐渐明晰，勾勒出女孩们光滑的背部、柔软的曲线。孙元起知道作为一个男性，应该首先打破这个僵局：“昨、昨天晚上，我，没对你们做什么吧？”
除了妮娜，三个姑娘一起抬头，满脸悲愤的表情，意思是说：怎么，吃干抹净，还在床上，就不认账啦？
孙元起只好退后一步：“那，我就是对你们做了什么咯？”
四位姑娘一起点头，连小萝莉的头也点得跟鸡啄米一样。孙元起一脸呆滞地看着妮娜：自己不会那么禽兽吧，连小萝莉都没放过？
妮娜看孙元起盯着自己，以为他不相信，扁扁嘴：“刚刚你还摸了人家……”
孙元起只想仰天长啸：天地良心！我刚才只是不小心碰了你两下而已，怎么就变成“摸”了呢？
咬咬牙，又问道：“好吧，女士们，我们来讨论一下成年人的严肃问题。首先，我应该对谁负责呢？”
“我！”四位女子异口同声，非常肯定地回答。
“我不认为我有那么好的体力，尤其是在酒醉的情况下！”孙元起没好气地说，“诚实一些好吗，女士们？上帝喜欢诚实的人。”
“……”四个女子都低下头，一言不发。
房间里顿时安静下来。
眼下，四位姑娘异口同声咬定自己做了坏事，怎么办？酒醉后，如何来到这个陌生的房间，这是一个疑问，只是现在不是追究的时候。根据残存的记忆，孙元起不敢否认，恐怕自己憋得太久，在酒醉之下，确实做了荒唐的事情，但自己决不是用强，否则绝不会安稳地躺在这里，身边四位姑娘可不是善茬儿；也绝不可能同时对人家四个女孩子下手。孙元起自认是个负责任的男人，只是需要对哪一位姑娘负责，还要查究，总不能搞个三妻四妾的吧？怎么查究，这是个问题。这种事，总不能自己动手，那样可真就坐实了自己“非礼”的罪行。
细细推测，昨天的事情有些你情我愿的意思，妮娜估计还不懂男女之事，所以排除在外；艾琳娜是个羞涩的姑娘，认识她那么久，这种事估计做不出来，所以也排除；莉莉丝平日里便腻着自己，性格开放，大大咧咧的，她的嫌疑最大；至于薇拉，这是个冷静的女孩，不会参与这种出格的事情吧？可……可她现在正身无寸缕地坐在床上！
头痛！
忽然，灵光一闪，孙元起想到一个事实：西方人信仰基督教、天主教，在婚姻形式上可是严格的一夫一妻制，国王也只能有情妇而已。当下问道：“好吧，女士们，你们都是耶和华的信徒，知道应该遵守一夫一妻制，也就是说，我只能和你们其中的一位结婚。所以，希望你们能够坦诚一些。”
一阵沉默。
莉莉丝打破沉默：“我问过你们中国人，你们普通人也是一夫一妻，但是可以有很多情妇，叫做‘妾’……”
“……”孙元起无语了，人家连中国的基本国情都调查过，完全是有备而来。在这一次交锋中，自己完全是溃不成军。
孙元起决定改变策略：“反正，我只需要一位妻子，而且我很难养活那么多的情妇。所以，我只能和你们其中的一位结婚。如果你们都不能拿出足够的证据，我只好等待，看看有谁怀孕，她便是我的妻子。如果没有任何人怀孕，那么只好说‘对不起’了。”
事实上，“一次中奖”的概率非常低，否则地球上早就挤满了人类。所以，孙元起决定用这种办法逼出“受害者”。
妮娜立马抗议道：“刚刚你还摸了人家……”
“摸的不算！”现在比摸严重多了的事情还有一大堆，谁还顾得上调戏小萝莉的事情？
妮娜嘟着嘴，孙元起直接无视，开始问艾琳娜：“艾琳娜，你有证据么？”
艾琳娜低着头，连脖子、锁骨都是粉红的。半天，嗫嚅道：“不……不是接吻都会怀孕么？”
“……”看来美国的生理教育也是很落后的。孙元起直截了当地回答道：“不是！接吻和怀孕没有任何关系。”
艾琳娜顿时抬起头“那……怎么样才会怀孕？”
这个问题，连妮娜都尖起耳朵听，看来大家对于生理知识都是非常渴望的。
既然大家都已经坦诚相见，这些问题也没什么好避讳的，权当客串一把生理卫生的老师，孙元起三下两下把基本原理给介绍了。
刚介绍完，妮娜就“哇——”地一声哭了起来，两只手光顾着抹眼泪，连胸口的花骨朵都不遮了。一边哭一边数叨：“哇……薇……薇拉，莉……莉莉丝，我……我以后再也……再也不叫你们姐……姐姐啦……，呜……呜……，我……我恨你们！……我……我说你们……你们要做什么……，你们还说……还说是和约翰逊……打架，原来……”
果然，就像主席教导我们的，坚固的堡垒最容易从内部攻破。
因为此事，O&C事务所延迟一天出发，如梦初醒的艾琳娜和伤透心的妮娜跟随一起他们离开了伤心地。然而事已至此，被迫面对这种两难境地的孙元起，只有分别薇拉、莉莉丝的家里写信，简略介绍了情况，并向她们的父母求婚了。至于天主教家庭如何处理这种一夫两妻的问题，只有耐心等待。
这个突发事件，对孙元起的影响并没有持续多久。如果说影响最大的，还是他从此以后戒绝饮酒：喝醉一次，就差点搞个三妻四妾，再多喝醉几次，岂不是三宫六院七十二妃？
留下来的薇拉、莉莉丝继续出任经世大学附属中学、小学的英语教员。经世大学又恢复了以往的静谧。
在稍后几天，也就是1901年12月10日，瑞典诺贝尔基金会颁出第一届诺贝尔奖：荷兰科学家范托霍夫（JacobusHendricusvan‘tHoff）因为“化学动力学和渗透压定律”荣获诺贝尔化学奖，德国科学家贝林（EdolfvonBehring）因为发现“血清疗法防治白喉、破伤风”荣获生理学或医学奖，而伦琴（WilhelradRontgen）因为“发现X射线”而荣获物理学奖。这对孙元起的生活也没有太大的影响，只有在很久以后，他偶然才在一本杂志上看到这则消息。
时间已经进入冬天，在这个时候，地处京郊山区的经世大学愈发寒冷，这使得孙元起更怀念后世的暖气。下了几场雪，校园里白皑皑的一片，操场上再也见不到学生的身影。因为寒冷，大多数时候，他们都呆在同一间教室里，以便保持温暖。
北京的西郊盛产煤炭，经世大学自然大量采购，只是担心使用不当导致中毒、火灾等安全问题，校园里面不敢过度使用。新建的屋子潮气比较大，加上地处空旷，屋子里生一个火炉完全不抵事。孙元起呆在校长办公室中，在编写教材的间歇，使劲地搓手跺脚，好使麻木的手脚恢复一点知觉。绕着办公室转了一圈，心想：天这么冷，这个时候学校也快放寒假了吧？
因为这是经世大学第一届学生，很多问题还在摸索阶段。比如，如果现在放寒假，那等到春节过后，足足有两个月时间，怎么安排学生的假期生活？
又转了几圈，孙元起想到一个不错的主意，并马上到教室公布自己的想法：学校将在一个星期后结束本学期学习，到时候将由学期考试。考试结束至下学期开学的两个月期间，电子学系负责设计简单的风力发电机，化学系负责研究河水的净化工作，物理系负责暖气的设计与输送，数学系负责自来水以及输电的线路最优化设计。每个系集体参与，下学期开学第一周提交相应报告。如有实验、调研等需要，学校可以给予相应的经费支持。
当然，要让这些学生从无到有、从入门到精通，还需要很长一段时间，甚至有可能他们的设计漏洞百出，但绝不能低估年青人的创造力。为了让他们能够尽早地走上科研的道路，只有从实际出发。与此同时，孙元起尽力回忆前世风力发电机、暖气、自来水等成熟产品的零星知识，形成文字交付给他们，希望对他们的研究有一定的帮助。
孙元起的偶发奇想，以后形成了经世大学的一个特色，学校里面的大部分工程都有学生参与，比如地理系实地测绘学校地图、参与校园建设规划，生物系调查校园内生物资源，地质系勘测学校的资源。推而广之，全国范围内的图书收集、语言调查、考古发掘、地质勘测、动植物普查等等，都可以见到经世大学学生的身影。这在某种程度上，也体现了经世大学“经世致用”的校训。
等考试结束，学生们终于感觉到自己所在的系原来是一个集体，大家开始分工，研究原理、实地调查、动手实验，以前从来没有这种动手机会，所以都兴趣盎然。即便外面天寒地冻，也满山遍野地跑。孙元起终于可以安心地坐在办公室中，和美国、加拿大的博士们一起，讨论自己攒的《量子力学》初稿，和他们相互讨论，偶尔穿插圣诞节、元旦、火鸡一类的轻松话题，打消他们“每逢佳节倍思亲”的愁绪。
就在这个时候，老郑冒着雪送来一封信，仔细看时，却是蔡元培写来的。八九月份经世大学筹备成立的时候，孙元起曾托商务印书馆的石蕴玉，给时任南洋公学特班总教习的蔡元培带封信，透露出浓浓的招揽之意，只是后来没有了下文。难道他现在回心转意啦？
连忙拆信阅读。蔡元培首先是对没有及时回信的抱歉，然后又说自己才力有限，不能胜任经世大学教职，所以未能北上，尚请海涵云云。孙元起正大感失望的时候，信末忽然峰回路转，说道：“前时，南洋公学总理张兄菊生解职，至今闲居，未知兄台处尚有空缺否？”读到此处，孙元起拍案而起，大声叫“好”，惹得一群洋人直瞪着蓝眼睛。
孙元起不顾外面下雪，连忙回城，分别给蔡元培、张元济发电报。对于蔡元培，除了感谢，再次表示招揽之意；对于张元济，则表示如果北上，即可出任经世大学副校长、校务委员会主任。
在京城住了一夜，张元济终于在第二日下午来了电报，表示年后将到任。孙元起大喜过望，除了回电感谢外，急忙又附上旅费若干，以示自己的拳拳之意。心想：这样一来，年后自己终于可以从学校的校务中解脱出来，专心搭建两所实验室了。转念又想：对了，前不久给章太炎先生去信，怎么还没见他回信？难道这位大牛对于高薪不屑一顾？
殊不知此时，章太炎正在上海竖起反清的旗帜，与改良派打嘴仗，哪有兴趣北上？再说，上海是外国租界林立，反清思潮泛滥，是革命志士的理想藏身之所；而作为满清都城的北京，相对就保守许多，章太炎先生又怎么会北上呢？至于蔡元培为什么不愿北上，恐怕多少也有这个因素。