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马超推行这次大变革的第二大类法规，针对的是军中的事宜。
无论是民生还是商业，一切的一切，都是在为国富民强打基础，而一个势力的强弱，最直接的体现，便是体现在军队的战斗力上。对此，马超是绝不会忽视的。
为此，马超对西凉所属的军队，也进行了一次历史性的改革。
首先，针对战时的复杂情况，马超推出了军中令。在军中令中，规定无论是地方军还是正规军，甚至是奔雷骑和破军阵两支精锐，都不得有丝毫的违反。从击鼓则进，鸣金则退的最基本军事条例开始，一直到大兵团多兵种协同作战的进退之法，军中令都做出了明确的规定，一旦有人违反，则会按照军中令中所规定的九禁十八斩的军法，予以严厉的惩处。
军中令中有严厉的一面，也有优待将士们的一面。比如说，军中令中规定了将士们日常的食谱，凡是正式在编的军士，都必须保证每日三餐，三餐中必须有一顿要带有荤腥，荤素搭配，保证将士们的身体机能始终保持在较高的水准。同时还明确规定了各级将士们的军饷，暂定为每三个月发放一次，任何人不得以任何理由，对将士们的口粮和军饷进行克扣，一经发现，按照九禁十八斩之令，就地格杀。
其次，马超还颁布了戍卒令。戍卒令是针对没有战事的情况下，对西凉将士们的日常令法。戍卒令中，详细的规定了西凉将士们的构成框架，规定中央军中，每十人为一队，设队长一名；每五队为一大队，设队率一名；每两大队为一屯，设屯长一名；每五屯为一曲，设军侯一名；每两曲为一部，设校尉一名；每五部为一营，由制定的将军担任指挥官。
戍卒令的颁布，无形之中废除了自秦汉以来，维持了数百年之久的军事结构，将原本等级繁多的军事框架，简化成了自上至下的六个等级，不但有效的缩短了军令下达的过程，使各级将士的行动更趋于迅捷，更是大大减少了将军们之中，有人利用空头士兵吃空饷的可能，起到了军中反腐的作用。
而且，戍卒令的推行，限定了指挥士兵们的将军，最多只能直接调度一个营兵马，也就是五千人之众，没有马超临时授予的虎符，是绝对没有办法大规模的调动军马的，这样一来，也就基本上不可能出现有人拥兵自重，进行谋逆的事情发生了。
当然，也有士兵上限超过五千人的编制存在，那就是马超亲自统率的奔雷骑和破军阵这两支精锐了。这两支精锐的编制，是凌驾于普通军队编制之上的，每支精锐满编的人数，都在两万人左右。这两支精锐可是马超一手训练出来的，直接听从马超的指挥，旁人没有马超的命令，是铁定指挥不动他们的。
借着这次变革，马超在军事方面，对西凉十余万将士们，也进行了一番调整。为长久计，马超再次下令从西凉境内招募三万名战士，暂时编入各地的驻军中，进行新兵的训练。同时从各地抽调一万五千名精锐，上调到了正规军中。之后又在正规军中，精挑细选出了一万人，补充到伤了元气的奔雷骑中，保持着奔雷骑两万精锐之数。
在这次募兵的过程中，兵源主要是从西凉本地人，和已经渐渐融入西凉的羌氐人群之中进行招募，外来的流民暂时不列为招募的对象中。除非是身怀绝技之人，经过现场考官的审核之后，才可以进入招募的行列，之后在通过复试与审核，才能正式成为西凉军的一员。
在招募新兵的过程中，马超还下令再次组建了一支特殊的部队。这支部队，不要求战斗力有多高，唯一的条件，便是懂医术或者是懂兽医之术，而且医术越精深越好。鉴于在讨伐董卓的过程中，数千奔雷骑战死于此役，马超真切的认识到了军医的重要性，有的时候，一名好的军医，其作用甚至不亚于一支千人的部队。同理，一个好的兽医，对于一支部队的重要性，也是不言而喻的，可以让将士们受伤的战马得到精心的照料，尽快的摆脱伤病。尤其是奔雷骑，对兽医的需求，可是很迫切的。
这支新组建的特殊部队，马超亲自为其命名为“青囊军”。顾名思义，负责这支部队的人，从其名号上，便已经呼之欲出了，自然是著就了青囊书的华佗。华佗虽然只是个医者，在马超的部队中也没有正式的官职，可谁都知道马超是华佗的弟子，更清楚华佗那一手出神入化的医术，由华佗指挥青囊军，可是没有谁会不服气的。
虽说青囊军不要求战斗力，可在战时跑来跑去的救助伤员，也是需要体力的，所以对青囊军的训练，也是必须的，至少他们必须得跟得上战斗的节奏才行。因此，马超还指定张绣为青囊军的军事长官，与华佗共同负责青囊军的组建与训练。
为了保证军中令和戍卒令的落实，马超特意让军师中郎将贾诩予以监督，同时在正规军中和地方上，设立军司马一职，由忠贞的将领担任，确保两项军令传达落实到西凉的每一个角落，真正作用到每一名士卒的身上。
接下来，才是马超这次变革中的重中之重。那就是对吏治的改革。
马超很明白，千里之堤，往往毁于蚁穴。官位再小，若是心术不正，也足以危及一方，甚至祸乱整个西凉。早些年，在休屠县发现铁矿的时候，马超就曾亲手斩杀了一名贪赃枉法的县令，那是个小官巨贪的典型，为了私人之利，不惜出卖铁矿资源给异族人，数年间捞取了数之不尽的财富，马超是绝不会容忍这样的官员，存在于自己的西凉军事集团之中的。
为此，马超制定了晋迁令，规定任何官员的升迁，都必须要经过从郡到州，至少两级官员的考核，而后上报到冠军侯府，由马超派专人再次进行审查，之后在根据其功绩，进行相应的升迁。避免一些不学无术，只知道通过贿赂而爬上高位的人，出现在西凉的官吏系统中。
掌管官吏的晋升，是件大事，也是国之根本，吏治的清明，是长治久安的重要保证。为了能让晋迁令得以十足十的实施，马超任命郑泰为西凉别驾，负责各级官员的考核和督查工作，如果发现现有的官员中，有不作为或是不能胜任的，只要证据确凿，郑泰可以在禀告马超之后，将其就地免职。相反，若是有人在低级别的位置上，做出了巨大的成绩，郑泰也可以对其进行破格的提拔。
与晋迁令同时颁布的，还有荐贤令。西凉的各郡，都以郡府的名义，广为张贴告令，进行招募贤才。如有愿意应聘的，只需要揭下张贴着的荐贤令，来到各郡的郡府，自然会有人对他们进行初次的考核。初次考核通过之后，会有更高层次的座谈，各郡负责挑选贤才的人，通过这样的方式，了解揭令之人的心性和志向，以及具体的才能，遇到出色的人物，便上报给各郡的郡守；更出色一些的，郡守们便会直接通知郑泰，由郑泰派专人或者是亲自来进行考核，通过考核的，则是直接授予相应的官职。
举贤不避亲，在举贤令施行的过程中，郑泰便举荐了自己的弟弟郑浑。郑浑其人，在这个时代名声并不响亮，可只要有后世历史知识的人，便知道郑浑的大名，甚至比他的兄长郑泰，还要响亮的多。为什么呢？因为郑浑有着出色的锻造技巧，号称关中第一能工巧匠，许多的神兵利器，都是出自郑浑之手。
郑泰举荐了郑浑，令马超大为高兴，立刻授予郑浑官职，令他前往休屠，与韩暨一起负责军械的打造。并成立了金戈司，任命韩暨和郑浑为正副司督，共同担负起为西凉将士们的打造利器、坚甲的事宜。
令马超没想到的是，自己的父亲马腾这次也给他拉来了一位特殊的人才，这个人，就是马氏家族的马钧。马钧字德衡，比马超小了数岁，按马氏家族的辈分论，马钧乃是马超的堂弟。
马钧这个人，沉默寡言，而且有口吃的毛病，说话不甚清晰，可是他自幼便心思奇巧，善于制作各种超乎人们想象的东西，后世流传的织布机、水车等物，都是马钧智慧的结晶。得到马钧，马超可谓是不胜欣喜，将其留在了自己的身边，视之如同亲生兄弟一般。只等着他再长大几岁之后，创造出一个又一个的奇迹来。
通过晋迁令和荐贤令，马超再次获得了一大批的人才，并罢免了少数没有作为的昏官，西凉吏治的清明和办事效率，再次得到了显著的提升，大大提高了西凉迅速走向强盛的速度。