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咸元六年春天的某天午后，春光明媚，山西大同境内的百姓接到了朝廷的旨意，朝廷供应煤炭，而他们要习惯每次喝水都要烧开的习惯，每天都有衙役来巡视是否按照了朝廷的旨意行动。可是习惯之所以称作习惯，就是因为它强大的惯性，老百姓才不会做富贵人家的事情，这个少雨的季节中，他们更加不会勤快地洗澡。这个年头谁身上没有一两只跳蚤。
就在这天，一只跳蚤体内的鼠疫菌急速的繁衍着，这个年代谁也不知道鼠疫或者曾经席卷欧罗巴的黑死病的病原体究竟是什么东西。
鼠疫耶尔森菌是种很神奇的病菌，当然了病菌都很神奇，用些不太学术的话来说鼠疫菌改造了跳蚤，让它能被接种上鼠疫菌，当一只跳蚤染上了鼠疫菌，它的食管就会堵塞，那么它吸入的血液不能继续进入胃部并消化，反而只是淤积在比较靠前的嗉囊内。
有没有看出其中的问题，因为血液没有进入胃部，所以跳蚤们始终在吃不饱的状态，它们只能不断地吸血，但是咽不下去又吐了出来，这个过程中鼠疫菌就进入了老鼠的体内，但是老鼠染病死了，跳蚤们就继续有把目标放到了那些温血动物身上，幸运与否，人类正好在这个范畴内。
就在这个不知名的午后，感染了鼠疫菌的跳蚤跳到了一只老鼠的身上，使劲地叮咬它，老鼠感到了身上很痒甩开了跳蚤，但是鼠疫菌更加喜欢这个新的载体，比跳蚤更适合它繁衍的身躯。这只老鼠没有想到它的小命已经不保，只要在经过五个时辰，它就会发起了高烧，内脏也开始溃烂。同样的事情接连不断地出现在了它的同伴身上，它们有些拖着痛苦的身躯开始逃亡，窜入了大同的农家，然后在它们身上的跳蚤，为鼠疫菌找到了更加舒适的繁衍场地——人类的身体。
一场让人毛骨悚然的疫情悄悄降临了。
除了朱由检之外谁也不知道它来了，除了朱由检之外谁也不知道它如何愈演愈烈。没有相对应的医学理论，没有能够做好预防的措施，没有能够治疗的药物，注定山西要面对一场黑色的浩劫。
京城的天是蓝色的，从西洋回来的大船这次回航到了新建的天津港口中，虽然百姓没有亲眼看到那一箱箱财宝从大船上卸下来的场景，但是想象更让他们热血沸腾，这次参与的商户一共三十四家，有二十家都是中等规模的，可只要做了这一单，都一跃而成了大商户，他们在人脉上仍然不能与老牌的商家相提并论，但是在资产上已经有了指日可期的并肩趋势。
大家第一次直观地认识到海贸的暴利，现在都念着朝廷下一次什么时候在开船，他们也要去捞一笔，就算不能去西洋，与东瀛的贸易也是可以做的。
就在人们三三两两在茶馆中闲聊海贸这件新鲜事的时候，一阵马蹄声从远及近，打破了祥和的气氛，还没有等人们弄清楚是怎么一回事情，这匹马已经朝着内城的方向而去了。
人们倒也不惊讶，只是愣了一下子又谈起了刚才没有说完的话。这几年看到八百里加急也不是一两次了，都已经习惯了，朝廷总能解决的，就连当初的兵临城下都没有问题，还有什么能难住朝廷呢？
朱由检接到了山西的来报，在兴县与大同附近都出现了数量不少的死老鼠，同时也有不少的人开始出现了疫情的病症，高热、喉咙肿大、吐痰血、呼吸困难、出血现象严重，最后身上出现了黑色的斑块。
终于还是来了。朱由检感觉背上冒出了冷汗，他努力控制着右手让它不去颤抖，“王承恩，迅速传旨内阁与卫生司，让他们快速来乾清宫，另外去宫外让吴无玥带着他师傅也进宫来。”
王承恩不知道密信上是什么内容，但是他还是头一次看到皇上额头上出现了细汗，那可是闻所未闻的事情，难道后金又打过来了？不对，既然传唤了卫生司，难道有什么大规模的疫情爆发了？
就和王承恩一样，所有人来到乾清宫的时候也不能弄清楚皇上的意思。看这样子山西是发生了瘟疫，明朝的时候人们已经知道只要大批的死动物总是瘟疫的前兆，都不是好事。可是就像是朱由检才成立了卫生司那样，中国的医学发展中特别是传染病学一直没有一个系统的记载，这一切直到出现了吴又可的《瘟疫论》，他首次把瘟疫与其他的热病区分了开来，提出来最接近现代传染病毒的传播学说。
于是就看到专门研究传染病的吴又可看着这份密信皱起了眉头，他凭借着多年的行医经验，本能地感到了其中不一样的味道，与普通死鸡死猪的瘟疫不同，老鼠的成群死亡让他警觉了起来。
朱由检见到吴又可的神情，知道他是想到了什么关键的东西。按照历史来说，这个时候《瘟疫论》还没有出炉，那要再过七八年才会问世，但是历史已经改变了，就像史上也从未提到过吴又可有吴无玥这个徒弟。“吴大夫可是有所发现？”
被点名的吴又可心中琢磨着要怎么把新的理论讲出来，毕竟这个时候大家都相信的是‘六气学说’，“皇上，恕草民斗胆一说，草民以为要弄清这次的疫情并找到一个处理的方法，首先是要弄清楚疫情的传播源。”
“难道吴大夫有什么新的见解？”温体仁问道，这年头读书读到他们的高度，多少看过几本医术，基础的医理还是懂的。可是对于瘟疫从来没有一个拿得出手的因对措施，只能看着每次大批的人死去。
“见解不敢当，只是草民的一些拙见。”吴又可说是拙见，语气却是很坚定，“草民以为瘟疫与其他的热病是不一样，它们有特殊的感染源头。与传统医学中伤寒等病感受天地之常气而致病不同，温疫之为病，非风非寒，非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感，瘟疫是感染了天地之疫气而致病。同时，这类疫气通过空气传播到口鼻之中，一种特定的疫气会传播一种疫病，看似疫情与疫情之间相同但其实是不同的。”
此话一出，在场的脸上都有惊疑的神情。细细想来，其实官方的史料上对于历代瘟疫的记录并没有十分的详细，说来许多的疫情都出现在一个朝代统治力衰弱的末代，所以十室九空也是朝廷管理不了的问题。
吴又可继续说，“这是草民的一些拙见，这些年走南到北见过不少的病症，而从小徒弟无玥建议草民每当接触病患一定要用布遮掩口鼻后，草民发现这样一来会减少病症的感染。可见疫情在人与人之间的传播，也与唾沫等分不开关系。”
吴无玥也是一愣，原来这里头还有自己的事情。那个用布遮掩口鼻，只是从朱由检那里顺耳听了一句，在宫里头有时候为了防止宫人的气息接触到皇上用的食物，会让他们带上绢布。朱由检说了如果气与气会相互交错，那么最需要使用口罩这种东西的人是大夫，他们与患者接触的时间最长，要学会保护自己。
说着无心，听着有意。吴无玥与师傅吴又可的闲谈中提到了这一句，竟然启发了吴又可提前了七八年提出了瘟疫论，更是让口罩用于医疗领域早了两百多年。
“你们也都听到了吴大夫的话，朕认为他说的很有道理。”朱由检直接下了一个结论，他知道一种学说被大家接受是需要时间的，特别是中医，不像后来的西医什么都能在显微镜下看到证据，中医之所以会没落，就是它的理论没有直接而直观的数据作为支持。可是在眼下朱由检没有时间，作为皇上有权力直接认可了这种学说。被皇上认可的东西，就算本来还有人怀疑，却也能名正言顺了。“瘟疫的可怕性不用朕说，诸位也都知道。这次发现的早，无论采取什么方式都要把它扼杀在襁褓中。温卿家传朕的旨意，对于山西出现疫情的地方，进行最高级别的隔离，不许人出入，当地的饮水与饮食要严格按照朝廷的规定来。传旨孙传庭，调集军队实施封锁，无朕的旨意，不得擅离一步。”
“皇上，草民请往山西。”吴又可在他人都露出了惊疑神色时主动请命，他是一个医者，读过的医书比其他人都多，这些年也开始接触了西洋的病例，忽然他想起了在欧罗巴上的那场黑色病，听汤若望说那场疾病洗劫了欧罗巴，让他们几乎失去了一半的人口。想到这里他心情一沉，如果山西遇到了也是同类的疫症，那么大明会死去多少人。不行，他一定要去一探究竟，才能不会于心不安。
朱由检想说这年头就是吴又可去了，也不可能找到有效的药物，抗生素还没有出现，能观察病毒的显微镜仍然在欧罗巴的土地上刚刚萌芽，但是看到了吴又可的表情，他知道劝不住。伟大的医者之所以区别与泯泯众生，那是因为他们有种其他人坚持不了的勇气与信念。孙思邈说大医精诚，没有仁者之心，怎么可能造就一个伟大的医者。所以，伟大的人总是少数的，虽千万人吾往矣的人也总是凤毛麟角，如果遇到了最好给予最真诚的祝福。
“朕希望吴大夫能活着回来，你的理论还没有著书传世。”
吴又可走了，然而朱由检却希望另一个人回来，雨化田一直都在山西，而这次不同与上次刺杀皇太极，疾病这样的事情不是自己可以控制的。
“他说要等到疫情完全控制了再回来。”吴无玥没有想到雨化田竟然会违抗了朱由检的旨意，居然将在外军令有所不受。
朱由检下达了隔离的指令后，同时也把这次疾病的注意事项一同带了出去，以吴又可的瘟疫论为依据，要想遏制疫情的传播，必须做到三点，灭杀传播的老鼠，同时不让这些人在人际中传播，同时也是最后一条人们最不能接受的地方，所有的病患死亡之后必须火葬，让大火烧去一切的传染源，在烈火中把黑色的魔鬼付之一炬。
不要以为这是简单的事情，火葬对于这个年代根深蒂固执着入土为安的人来说是一件不能接受的事情，为什么在死后还不能安宁。所以朝廷说要火葬，必然会引起冲突与流血。
“胡闹，这是要让朕下明旨啊！他呆在那里干嘛，跳蚤这东西才不管你是谁，都会往身上钻的。”朱由检被雨化田的抗旨气的不轻，说了不要让他再遇到危险，哪有自己赶着上的。
吴无玥也是无奈，他也不明白事不关己高高挂起的雨大人怎么有这样的觉悟了，“他让我对皇上说，他与那些去执行隔离任务的军士一样，凡是出任务的都能得到一笔银子，这些钱军士已经拿了一半预定的，而要是出了事情，朝廷会给高出三倍的抚恤金，这个人命如草的年代，这样死去为了家人也算是值得了。所以那些军士没有一个想要逃的，他的那份就不用专程再跑一次了，直接存到雨佑仁的账上。”