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江宁城内，还有江宁将军魁玉和副都统辉布所统四千八旗兵驻在满城，这些人是知道前次洪杨太平军破城时对满人的屠戮，因此全城不分老弱妇孺能拿得动武器的约二万人都上城守御。上官相降兵送信入城劝降，保证满人降后人身安全。魁玉等人拒降，吴如孝让太平军两个独立炮旅将所余炮弹全部射入满城，然后搭云梯强攻满城，很快城破，魁玉用枪自杀，辉布受伤被俘，满城中二、三万居民本以为会被屠城，谁知这伙儿太平军完全不像传的那样，除了撤除满城外，对百姓秋毫无犯，对八旗俘虏让他们收拾战场后，其中官员送入教导营、士兵不带武器各散归家，伤病者还给医治，于是合城乃安。江宁城，在历经无数战乱浩劫之后，终于迎来了王者之师。
1868年7月25日，占领江宁后，经过短暂休整补充的关保东征都督府和第一野战师配属一个独立炮兵旅，攻占苏州府、松江府、海门、通州、太仓全境，因涉及外交事宜，独留松江府之上海未攻，傅忠信率第六野战师攻克淮安、杨州、徐州、海州，关保东征都督府解散，关保驻江宁，龙怒涛的水师也驻江宁，魏宣武派各类人才接受清金陵制造局，改为金陵造船厂、金陵枪械制造厂、金陵火炮制造厂、金陵弹药厂等，吴如孝和傅忠信两野战师、任柱的骑兵旅及两个独立炮兵旅将江苏移交给第一野战师后回开封整补。第一野战师部队协助申建功建立江苏省地方政权机构和部队，王义刚兼任江苏省刺史，穆里奇任江苏省总教，覃瑞麟任统制，各级地方政权机构一经建立就大力推行天国政策，收地分地、惩治劣绅、赈济贫民，自不待言。
1868年8月，捻军已灭，李鸿章率淮军到上海，从外国人那儿购买了大批军火，在浙江、江西招募大批兵勇，把淮军扩展为四百营二十多万人，每营装备燧发枪四百支，按湘军之法高强度训练，要求每个士兵都能上1丈高的屋顶、跳过1丈宽的沟、还要能够手抛火球到20丈外，并能腿绑沙袋日行百里。淮军扎营也按湘军之法，无论攻城或野战, 无论风雨寒暑，必先扎营；营没扎好，不准休息、也不准去搦战，为了防备敌人偷袭，淮军除了派出部队巡营和站岗外，还每晚安排重兵在营地四墙守望，白天占总兵力的三分之一，晚上则占总兵力的十分之一，不仅增大了快速发现敌人的概率，也有足够的力量可以应对。李鸿章给每营配备了用于杀伤步兵的轻型小炮，每次发炮都能发射百余颗生铁或熟铁铸就的葡萄大小的炮子，每次点火后“喷薄而出，如珠如雨，殆无隙地，当之辄碎，不仁之器，莫甚于此”，后又购了一批前装滑膛炮装备各营。李鸿章又购买外国蒸汽炮艇十艘装备黄翼升、王芝声的长江水师。李鸿章又任用英国军官柏郎为领队，五百名各国退役洋军人为骨干，训练了一支三千人的洋枪队。李鸿章聚集了署湖南提督刘铭传，直隶按察使张树声，江西布政使刘秉璋，山东布政使潘鼎新，署江苏按察使吴毓芬 ，署江苏布政使吴毓兰，署湖北提督郭松林，记名提督周盛波、吴长庆、丁汝昌、聂士成、唐定奎，署徐州镇总兵董凤高，记名总兵叶志超、卫汝贵、解先亮、宋先聘、程孔德、周世臣，参将左宝贵、腾嗣相、副将滕嗣林、吴秉权等将领，在浙江、江西一带精练士卒，又以署天津道丁寿昌为天津总理营务，准备与太平军一较高下。
李鸿章在上海，命师爷娄春藩向清廷上奏请饷银，清廷只拨了二万两白银，实授李鸿章为两江总督、平匪钦差大臣，节制浙江、江西、福建三省军务，江西巡抚景福、浙江巡抚杨昌浚、福建巡抚王凯泰并听调遣，令闽浙总督马新贻、浙江提督胡中和、浙江布政使杨昌濬募练的浙勇一百二十营，福建陆路提督王明山所募闽勇五十营，也归其节制，并准其于三省通过劝捐、厘金、盐税等方式筹集粮饷。李鸿章见一时难以筹到如此巨额的军饷，就通过以厘金、盐税抵押的方式向上海洋行借款五百万两白银以充军饷。1868年9月，清廷催促李鸿章进兵，李鸿章以新募兵需要训练为由婉拒。李鸿章知道，魏宣武的太平军精悍比洪杨之军有过之而无不及，统百战之湘勇的老师曾国藩都失败被擒，何况自己这些新招未练之兵，要胜过太平军，他招的兵就必须按老湘军之法苦练并装备精良方可大用。