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福建郑家陆军的整编进行的非常顺利，因为郑家大部分军队聚集在泉州安平一代，陆军先是奉郑芝龙之命投降了满清，然后在崇明军大败阿济格攻打泉州时又反正举义，被任思齐以隆武帝的名义把大部分将领都软禁了起来。郑芝龙已死，郑鸿魁、施福、郑芝豹等将领又被抓，十余万军队群龙无首，被轻而易举的收编。
军队归根到底打着的是大明的旗帜，虽然吃的是郑家的饷银，可除了少数一小撮大部分人还是承认隆武朝廷，被改编时除了少部分人试图抵抗，其他人慑于崇明军大败八旗兵之威，根本兴不起反抗的念头。再加上任思齐慷他人之慨，拿着缴获的银子大量发饷银，大部分郑家嫡系将领被抓又空缺出了无数个职位，任思齐从中低级军官中提拔素有威望之人，填补郑家将领的空缺，然后又从士兵中提拔大量的人为低级军官，人人都有银子拿，又得到了难得的升官机会，谁还会去理会旧日的主人。
在整编的过程中，任思齐从崇明军中选出千余名的士兵军官，担任新军的核心，淘汰老弱共整编了八万新军，分为八镇，任命了沙千里、施琅等人为镇将。任思齐决定等回师南京之时，抽调其中的四镇去南京。任命陈名扬为福建总兵，统率剩下的四万新军，负责整编训练军队，镇守福建，等待时机攻略江西两广。
陆军的整编工作非常的顺利，可是郑家水师的整编就不是那么容易了，因为一个人在清兵攻打安平时逃了出去，逃到了厦门岛。这个人就是郑芝龙的儿子郑森。
郑森逃到厦门岛，投奔了驻扎在这里的郑彩，试图说服郑彩举兵抗清，好报安平被屠母亲受辱自尽之仇。可没想到形势变幻的太快，清兵竟然迅速的被崇明军击败，然后崇明军占领了福州厦门。
当任思齐假借隆武帝的名义发圣旨到岛上，命令郑彩郑森到福州觐见隆武帝时，郑森说服了郑彩不要去，而是应该先看看形势再说。形势很明显，听命令往福州的郑家嫡系将领都被软禁，绝大部分军队都控制在了任思齐的手中。虽然任思齐并没有下令杀掉被软禁的郑鸿魁施福等人，可郑彩郑森也知道大事不妙。
可是他二人现在掌控的仅仅是数百艘战船三四万水军，实力如何能和占据了整个福建的崇明军相比，别的不说，若是崇明军卡断了粮食供应，不出半月数万大军将无粮食可吃。所以当任思齐派人来到岛上，再次邀请二人往福州并保证二人的安全的时候，郑彩动摇了，与其以卵击石，不如拿着手中的船队人马和任思齐讨价还价，好换个高官做做，凭借十多年来积攒的数百万两的身家，逍遥一世岂不美哉！
谁料还未等郑彩美梦成真，郑森突然暴起发动，率数百军队直闯郑彩的中军，斩杀了郑彩，接管了整个水师。郑森是郑芝龙的长子，是郑家势力名正言顺的继承人，郑彩既死他手下的军队也都顺理成章归顺了郑森。
接掌了厦门岛的水师之后，郑森当即带兵攻打金门，金门岛本是郑鸿魁的地盘，郑鸿魁已经应隆武帝的圣旨往福州去了，群龙无首之下金门轻易被郑森突破，除了少部分船只逃亡泉州以外，大部分船只水兵都归降了郑森。
占据了金厦两岛之后，郑森几乎掌控了郑芝龙大半的水军，声威大震，开始派兵四下登陆，抢夺粮食物质。
隆武三年（1647年）元月，茅十八奉命率领崇明军主力舰队百艘三桅帆船到达泉州，开始了对郑森水师的围剿。两只水师先是战于泉州城外海面，郑森部二百艘船只被击沉三十多艘，剩下的往南逃回厦门。
二月五日，茅十八率领船队继续南下，与料罗湾和郑家主力舰队相遇，双方展开了有明以来最大规模的海战。
一方是百艘三桅帆船，都是樯桅高耸的大型福船，每艘上面都安装着一到两门红衣大炮，其中更包括“公主号”和“飞鱼号”两艘荷兰夹板船，每艘上面都有数十门大炮，整支舰队的红衣大炮门数超过了两百门。
而郑家的舰队船只数量多达上千，其中除了大型福船两百余艘以外，海沧船、哨船、破浪船等各种船只应有尽有。
两支船队仆一相遇，立刻进入了激烈的大战之中，上千艘郑家船只围着百艘崇明军船队展开了疯狂的进攻，跳帮作战、弓弩火箭攒射，火船进攻，各种传统的海战战术接连使出。而崇明军船只则完全摆着防守的阵型，仅靠火炮攻击敌舰。
这是一场不对称的战斗，船只多的一方并没有取得一点的优势，因为他们的船只往往还没有靠近对方，已经被密集的炮火击沉。在先进的火炮面前，落后的战术完全不够看！
战斗从上午开始，等到夕阳西下之时，已经有两百多艘郑家船只先后被击沉，而崇明军仅仅损失了两艘普通的三桅帆船，双方的战损比是如此之大，以至于最后郑家的船只根本不敢上前厮杀，而是远远的逃离了开来。
百余艘崇明军船只封锁了料罗湾海港，郑家的剩余船队被堵在了海港中根本不敢出来继续作战。第二天黎明时分，郑森带着百余艘主力战舰强行突围，损失了一半的船只之后，突破崇明军的封锁逃入了茫茫大洋之中。
茅十八指挥着船队进入了海港，剩下的郑家船只纷纷投降，崇明军登上了金门厦门两岛。
隆武三年三月五日，任思齐任命陈名扬为福建总兵，统率留在福建的四万新军，任命任峻为福建巡抚，作为福建的最高官员。同时组建南洋舰队，以茅十八为水师提督，下辖五百余艘各式战船负责福建对外的海贸，以及经略南洋航线。
此次南下福建，除了整编了郑家的军队以外，郑家十多年海贸积攒的庞大财富也落到了任思齐手中，各种财富折合白银高达一千多万两。任思齐大爽之下，宣布免除福建全省赋税三年，以收获民心。
三月八日，安排妥了福建事宜之后，任思齐命令步军从仙霞关入浙江，自己则奉隆武帝沿着海路回师。