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尽管在全世界范围内，但特定领域的学者圈是极小的。很自然的真嗣就结识了赤木直子——MAGI系统之母。赤木直子不愧是该领域的天才科学家，为真嗣解答了很多学习障碍。只是身为女人，在感情方面太过执着死脑筋。甚至把这个特点也遗传给了女儿赤木律子，好在律子也继承了母亲的高智商基因。
赤木直子在2008年才完成MAGI的理论基础，真嗣占了先知的优势，很多问题都跟赤木直子通过邮件讨论，甚至在生物电脑上移植多个人格协同交互运算，最后得出结论也是他提出的。尽管这个观点不新鲜，但真嗣通过小Q先做出了一套试验系统，验证了这个理论。
赤木直子在科研方面成就极高，但情商有些欠费。他只把真嗣当做一个优秀的科研伙伴，奉为同行知己，很多问题都很乐意交流，当然在不泄密的前提下。此时她已加入老碇领导的Gehirn(人工进化研究所)，负责生物超级计算机系统的开发。
在赤木直子眼里，真嗣是个优秀的天才，学习理解速度超高。身怀大才却蜗居在一个欧洲小国当业余研究者(这是真嗣伪装的身份)，实在浪费。辛亏赤木直子情商不高没有让情报机构调查他，不然早就露馅了。
这也是真嗣努力伪装的结果，他从不过问赤木直子的工作内容和机构信息，只谈生物计算机领域的问题，纯学术交流很正常。赤木直子也尝试拉拢真嗣入伙Gehirn，真嗣只能以身体残疾为理由拒绝。
真嗣也通过一些试探，想跟她多谈些生活上的事情以拉近关系，不过赤木直子一开始很逃避私人话题。看来她心防很大啊。他费尽九牛二虎之力，在告明身体残疾可能获取了赤木直子的同情心，终于撬开一点缝隙。
她开始倾诉生活上的烦恼，例如忙于工作无暇管教女儿。不过没谈到老碇。
双方不断保持联系，人工智能助手小Q的开发也一直在进行，不断完善。渐渐地，双方的交流逐渐深入，真嗣甚至把一些画作发给赤木直子品评。
可惜赤木直子是个纯粹的科学家，爱好就是研究工作无法品评。真嗣只是营造一个多才多艺的学者形象而已，以提高在赤木直子心中的分量。
如此，在真嗣的努力之下，两人几乎成为无话不谈的朋友。甚至赤木直子坦言老碇的存在。
老碇亲自出马玩弄赤木直子的感情，可怜她一直蒙在鼓里。
真嗣疏不间亲，也不好主动谈及老碇的话题，说老碇的坏话，因为目前为止老碇都没犯什么错。
几年过去了，真嗣早已满足融合教育的条件，可以上普通小学了，他却死赖在教育研究所不走。因为只要上了普通小学，就没那么多时间做自己的研究了。
通过测试，证明真嗣有大学的知识水平，老碇也就不管了。只是定时打钱而已。真嗣闲暇之余用画画和看书打发时间，还报了格斗班，苦练格斗技巧，提高身体素质，为将来做准备。
根据老碇的想法，真嗣这个懦弱少年如果不行，他就是个EVA驾驶员备胎。
也说不定真嗣才是备胎，因为他的表现老碇的情报机构都看在眼里。他的资料肯定会定期摆在老碇的案头。不过信息技术这块以及跟赤木直子的交流被真嗣掩饰了。
在老碇看来，真嗣只是个喜欢玩体感格斗游戏的自闭死宅，爱好是玩玩组装电脑，用灰色产业挣点零花钱购买装备。
当然深入调查会发现奇怪之处，真嗣赌五毛老碇不会对他这个小屁孩投入大资源调查，也不会派人监视，让教育机构定期汇报就不错了。不过跟赤木直子的联系是万万不能泄露的。
真嗣有了大量闲暇时间，都用来做研究。入侵能力提高了，开始收集有关SEELE相关的一切资料。可惜收效甚微，研究所的很多资料都是物理隔离的，网上能够弄到的只是一些公开资料。
目前确认的就是SEELE通过几家大财团操纵世界金融，甚至控制国联议会，勾结军方，势力庞大，关系复杂。
能与SEELE对抗的，只有视其为威胁的各国政府了。
终于到了2008年，真嗣7岁了。
赤木直子完成了MAGI的理论基础，在真嗣的帮助下这个系统架构更加成熟了，只是Gehirn的研发进度跟着计划表走，所以时间也没提前多少。此时赤木律子跟随母亲赤木直子加入研究所，成为主要执行人。
“Karl(真嗣化名)，我的理论终于完成，进入建设实现阶段。这么顺利要好好感谢你!”赤木直子很高兴，迫不及待向真嗣报喜。毕竟MAGI以后会成为政府的决策参考机器，迟早会公开，也不是什么绝密内容。
“恭喜!我的贡献微不足道，这全凭您的才能实现的，您给我的帮助更多，是我该感谢你才对。”真嗣回复。
双方保持这种稳定的交流。真嗣维持之际，只能一个人埋头苦干。毕竟赤木直子的研究所上万名顶尖人才合作，加上SEELE的海量资源支持，他一个人尽管开挂但人力有限。
令他振奋的是，尽管目前的条件有限，只能让小Q走生物计算机加电子计算机混合路线，发挥这两个系统的优势。开发升级过程尽管困难重重，但顶不住真嗣奇思妙想不断，灵感不绝，加上同行的交流不至信息闭塞走路入死路。
小Q的智能程度不断完善，走的是另一条路了。通过跟赤木直子的交流，他也了解MAGI的基础架构和实现原理，当然更多细节和涉密内容赤木直子不会透露。
毕竟MAGI系统由一人牵头开发，但一些模块都是各领域专家合作完成。例如安全领域，反入侵系统等。
真嗣又埋头铲了两年屎，基本脱离社交，成为一个彻底的自闭死宅，有时候甚至一个月都没说几句话。
除了林老师定期去看他，基本脱离社会了。
“真嗣，你爸真狠心把你扔在这边不管，为什么不愿意去找他呢。”林老师私底下跟他讲中文，难得有个人可以说母语。
“他工作忙吧，我不想烦他。”真嗣一边看书一边说道。
“今晚到我家吃饭吧，我做了糖醋排骨哦。”林老师非常喜欢真嗣，经常带他回家吃饭。也许更多是看这孩子可怜。
“嗯，好的。”真嗣摘下眼镜，难得露出一个笑容。
吃完饭，在林老师那边待了会儿，回到住所已经很晚了，真嗣收到赤木直子的邮件。
“Karl，我的MAGI系统终于完成!根据你多年前的提示，我植入了我身为科学家、女人与母亲的的3个人格。计算运行起来这三个系统争论不休呢。最后的决策出自于这三大系统的商议，一般问题少数服从多数，特殊问题采用一票否决制……”
“NERV的大脑终于完成了吗，很好。”自己参与了部分基础理论的完善，至少了解了最基础的东西。MAGI正式部署后，只要再试验一些细节，以后入侵能省很多功夫。
毕竟MAGI的副本会部署到其他NERV分部，甚至SEELE本部。作为系统中枢至关重要。
真嗣很快回复贺喜，并提醒她少抽点烟注意身体。
此时赤木直子还在昏暗的办公室里加班，收到真嗣的回复心里暖暖的。想到跟老碇的恋情，从来都是她主动，连Karl都比他关心自己，心里又开始发紧。
这时候办公室出现自动门开关的声音，赤木直子回头一看，是一代目绫波丽，还是个小萝莉的样子。
不过，一代目绫波丽很像碇唯让她不喜。
自从碇唯死后，赤木直子高兴了一阵子，以为能小三上位，没想到老碇只是吊着她。目的是利用她的才干完成MAGI的开发，系统建成之日，她也就没有利用价值了。
“丽酱，有什么事吗?”赤木直子尽量装出亲和的笑容。
“我迷路了。”
“这样啊，我带你走吧。”
“不用。”一代目绫波丽说话也是面无表情。
“那样你一个人回不去不是吗?”
“不用你管，老太婆。我一个人回得去，不用你管，老太婆。”一代目绫波丽开启嘲讽模式。
“不能叫人家老太婆哦。”
“但你不就是老太婆吗?”
“我要生气了，碇所长知道了一定会骂你一顿。”
“提到你的时候，所长就是这么说的。他说老太婆就是唠叨，老太婆已经没有利用价值了。”一代目绫波丽发出了锥心一击。
想到自己放下女人尊严付出的一切，赤木直子受刺激之下终于失去理智，清醒后发现自己已经掐死了那个孩子，那个像碇唯的孩子，像她最嫉恨的女人。
“叮咚，有新邮件。”小Q提醒道。
“咦，这么快赤木又发邮件了。”真嗣打开邮件。
“Karl，这是我最后一封邮件了，我真是愚蠢的女人被男人利用那么久。我杀了人，犯下不可饶恕的错误，附件是我一生的心血，MAGI系统的源代码地址……属于绝密，你实际上是开发者之一以后靠你继续完善了……这是我最后的礼物了。最后对你说声谢谢，也许我该早点认识你，永别了。”
赤木直子发完这封邮件就清除了所有跟Karl的来往邮件记录，显然不想给他带来麻烦。
收到这份逻辑混乱的邮件后，真嗣才知道，该发生的还是发生了。
不过得到MAGI系统的源代码，纯属意外，源自一个女人微不足道的报复。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木直子在MAGI系统的高台上坠亡。人工进化研究所Gehirn经过改编，成为了新的秘密组织NERV。