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经国务院批准全国首批8个省市的农村信用社，按照“明晰产权关系、强化约束机制、增强服务功能、国家适当支持、地方政府负责”的总体要求率先开展改革试点工作。这次改革的主导思想是：
将农村信用社管理交由省级政府负责。省级人民政府按照政企分开的原则，对信用社依法管理，不干预信用社的具体业务和经营活动，不把对信用社管理权下放给地（市）和县、乡政府。在这种新的框架下，地方政府与农村信用社之间的关系该如何处理和把握，如何构建县级政府与农信社的新型关系是当前面临的新课题。
（一）政府方面。
1．进一步提高对农村信用社重要性的认识，正确处理好金融发展与地方经济发展的关系，实行信用环境建设地方政府负责制，将社会信用秩序和环境的整治和建设工作纳入地方政府任期责任目标进行考核管理，在继续推进信用村镇建设，为农村信用社的稳健发展创造良好的外部环境，加强规范地方企业的改制’坚决制止借改制之名逃废金融债务的不正当行为，保护农信社在改制中依法清收债权的行为。同时，由政府牵头尽快组建多层次的中小企业信用担保体系，切实解决县域中小企业贷款担保难的问题。
2．切实落实好地方政府行业管理职能，发挥好政策导向作用。地方政府在信用社行业管理上要做到到位不越位、参与不干预、放手不插手、支持不把持、维权不侵权，要把工作重点放在向农信社推介引荐支农项目，引导农信社发展方向，支持农信社金融创新，增强服务功能，提供必要的政策支持，帮助农信社解决实际困难与问题，提升农信社对政府的信心，逐步实现政府目标与信用社目标的统一。
3．加大政策扶持力度，制定优惠的税收和财政政策，帮助信用社解决历史遗留问题，对历史上造成的不良资产进行适当财政补偿，优化信用社资产结构，以增强其抵御风险的能力。
4．做好资金支持工作。方面要支持农信社增资扩股工作，帮助农信社扩充资本金，增强资金实力，为人民银行发行专项票据支持创造条件；另一方面要兑现承诺，落实好地方配套资金，支持‘和做好农信社的不良资产置换工作；第三方面是要引导和督促地方支农资金回流和存人农信社，以增强农信社支农资金实力。
（二）信用社方面。
l．积极稳妥地推进农村信用社产权制度改革。农村信用社改革应是目标一致、模式和路径多样。
只要农民的融资需求能够得到满足，农村信用社或组建独立的股份制商业银行，或股份制合作银行，或作为农业发展银行的基层机构，或在维持现状的基础上加强管理、改善经营，都是可允许的选择。无论采取何种产权形式，都必须在法人治理结构、股权分配、运行机制的基础上进行规范改造，把农村信用社真正办成由农民、农村工商户和各类经济组织入股，为农民和地方农业、农村经济发展服务，实行自主经营、自我发展、自我约束、自担风险的地方性金融机构。无论采取何种产权制度和组织形式，农村信用社都要坚持服务“三农”的经营宗旨，从支持地方经济发展的实际需要出发，进一步增强和完善农村信用社的服务功能。
2．积极改善金融服务手段，促进“三农”经济发展。经过市场经济的洗礼，今天的农村经济结构已发生了翻天覆地的变化，现在的农村已不局限于种植业为基础的传统的温饱型农业，随着我国改革开放的进一步深入，农村商品经济也在同步发展，绿色农业、创汇农业、农产品深加工等经济增长点不断出现，产业化经营进一步扩大，从而对金融的需求也趋于多元化，如果农村信用社的服务手段仍停留在传统落后的方式和方法上，就满足不了“三农”进行商品生产和发展的需要，进而也影响信用社自身的发展。对此问题，一方面要提高农村信用社自身的金融服务水平，扩大服务范围，增加对股民的优先权和优惠权，学习并借鉴商业银行先进经验，提高自己；另一方面人民银行要积极支持和扶持农村信用社，尽快建立农村信用社资金结算支付清算系统，抓紧解决农信社结算渠道不畅问题，提高农信社结算资金周转速度和使用效率；三是加强调查研究，开发适合“三农”要的金融产品，拓宽业务领域，以满足农业和农村经济发展对资金的渴求。
3．建议国务院有关部门结合邮政储蓄体制改革，建立全国性农村资金返还机制。多年来，邮政储蓄的不断抽水（据统计，2003年邮政存款8000亿元中，约60%来自县以下）极大地限制了信用社自筹资金的能力。建议国家将邮政储蓄新转存人民银行部分划存农村信用社，农村信用社按人民银行规定的1.575‰的利率付给邮政储蓄利息，农信社把资金按协议用途运用于“三农”。这样，不但可以减轻农信社对人民银行再贷款的依赖，而且困扰农村金融多年的农村资金非农化问题可在机制上得以解决。
4．坚持以“三农”为宗旨，积极更新并增强为“三农”服务的观念和大局意识，积极推进地方农村经济的全面发展。时下全国各地农村小城镇建设的步伐正在加快，农村的衣、食、住、行正向城乡一体化发展，农村产品的商品化程度进一步提高，个体、私营、民营企业正在迅速发展。农村信用社要深刻认识到地方农村经济发展的新变化，及时转变观念，提高认识，要把农村信用社金融服务的方式从传统的支持农民生产、生活方面向支持农村经济规模化生产、产供销一体化方面转变，在全面建设社会主义新农村中发挥重要作用。