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天启四年八月十一，后金天命汗努尔哈赤被女婿刘爱塔骗至金州，引东江镇总兵毛文龙乘夜渡海奇袭。努尔哈赤于宁远受炮击后背疮一直未愈，本已病入膏肓；金州城破之时，毛文龙纵兵大屠，努尔哈赤于内室听到外面动静，惊怖而死，后被毛文龙斩下首级。
等八旗大军闻讯杀到时，金州城已经被大火付之一炬。待几天后清理废墟时，凭借努尔哈赤惯常佩戴的玉佛珠，女真人勉强认出了已经烧成黑炭的“覆育列国英明汗”，运回沈阳安葬。
女真人本没有火葬的习惯，可因为努尔哈赤死得太过窝囊，连脑袋都找不着了，根本无法举行入殓仪式。无奈之下，只得改土葬为火葬，把已经烧过一次的尸体彻底化为灰烬。然后装入骨坛，葬于沈阳北陵。
为了“为尊者讳”，其后女真人竟强改葬俗，令今后死者一律火葬。后世的历史学家不明其故，还以为火葬是女真人的传统，其实他们哪里知道，这都是拜刘兴祚和毛文龙所赐。
其实按照原来的历史，宁远之战和努尔哈赤死亡都发生于天启六年。可由于朱由检的穿越，历史的轨迹发生了微妙变化，努尔哈赤的死被整整提前了两年。他的死，不啻于在这个本已兵荒马乱的时代扔下了一枚特号炸弹，登时引发轩然大波。
首先是后金方面，由于大汗突然“薨”了，没有指定继承者，那些有实力并且觊觎汗位的野心家们立即各显神通，展开了一场殊死争夺。
本来努尔哈赤最喜欢的儿子是十四子多尔衮。多尔衮为大妃阿巴亥所出，还有两个亲兄弟阿济格和多铎。在此之前，努尔哈赤已有意让三兄弟代自己执掌正黄旗。正黄旗为八旗之首，人马最多、军力最强，其象征意义不言自明。
可努尔哈赤突然挂掉，阿济格、多尔衮和多铎三兄弟年龄都不很大，斗争经验不足，这就给了他们的叔叔和哥哥以可乘之机。在诸年长贝勒的阴谋策动下，四贝勒皇太极乘乱夺取了正黄旗的印信，并矫诏迫大妃阿巴亥为努尔哈赤殉葬。
本来按规矩，有子女的妃子是不用殉葬的，可皇太极等人怕阿巴亥凭借太后的身份收拾自己，便来了个先下手为强。可怜阿巴亥年仅三十五岁，风华正茂之年，就成为了肮脏政治的牺牲品。
阿巴亥一死，多尔衮三兄弟就失去了靠山，也彻底丧失了争夺汗位的资格。剩下的诸贝勒中，本来大贝勒代善与二贝勒阿敏结成的联盟掌有正白、镶白、正红、镶红四旗，实力最为强劲。可现在这四旗兵马全都被阿敏拉到朝鲜去了，代善也根本没想到努尔哈赤会在这个节骨眼上死掉。如今他手中没有一兵一卒，说话自然没有底气。
而二贝勒阿敏在稍候得到努尔哈赤的死讯后，索性赖在汉城不走了。他知道若凭血缘远近，自己是没有即位的希望。但他手握四旗重兵，不管是谁即位，他都可以分庭抗礼。实在不行，做个朝鲜之主也未尝不可。
另外一个有希望继承汗位的是三贝勒、努尔哈赤第五子莽古尔泰。他是正蓝旗旗主，在努尔哈赤诸子中最为骁勇善战，却有些缺乏谋略。一听说努尔哈赤死亡的消息，他立即率兵占据沈阳皇宫，觉得这样就可以顺理成章当大汗了。
而在诸贝勒中最为阴险狡诈的皇太极，本来就是镶黄旗旗主，现在又趁乱夺取了正黄旗。正黄、镶黄两旗是八旗的绝对主力，实力犹在阿敏的四旗之上。皇太极表面上一声不吭，绝口不提汗位之事，却暗中差人四处活动，笼络女真贵族之心；又派人送密信给身在朝鲜的正白旗旗主济尔哈朗，要他设法率军返回，与自己合兵一处。
女真人内部斗得不可开交、新大汗迟迟不能产生之际，明朝这边也好不到哪去。本来毛文龙斩获努尔哈赤的首级，立下了天大的功劳；可他只顾穷追朱由检等人，也同样遭到了那场超强台风的袭击。
结果东江水师的战船大半倾覆，军士溺死海中者十有六七。毛文龙乘坐的那艘虽然没事，但在大风大雨之中，一不小心把努尔哈赤的首级给掉到海里去了。
返回皮岛之后，毛文龙立即同时向京师和登州袁可立报捷。但由于少了首级这个最关键的证据，袁可立一向谨慎，不敢轻信这个战果。后来郑森驾船返回登州，刘兴祚又向袁可立狠狠地告了毛文龙一状。袁可立见毛文龙为了抢功，竟然如此不顾大局、滥杀无辜，也对毛文龙态度大变，从此不再助他。
而朝中仍是阉党当政，魏忠贤本来就视刚正不阿的袁可立为眼中钉肉中刺，早欲除之而后快，只是一直找不到合适的借口。如今毛文龙报如此大捷却又没有证据，正好给了魏忠贤一个打击袁可立的机会。
在他的授意下，奏章如同雪片一般涌向司礼监，全是弹劾袁可立与毛文龙的。其中多言毛文龙虚报战功、徒靡钱粮、横行不法，全是袁可立纵容包庇的结果。袁可立百口莫辩，终于愤然辞官。倒是毛文龙善于见风使舵，见袁可立这个靠山靠不住了，立即改换门庭，拜入魏忠贤门下，结果倒是有惊无险。
最后算下账来，本来这个奇袭刺杀行动极为成功，结果主持全局、功劳本应最大的袁可立却落得个回家种地的下场。魏忠贤也只顾满足于扳倒了袁可立，根本不思进取，趁乱讨伐后金的大好机会就这样被轻易错过了。
袁可立既倒，刘兴祚也未获重用。本来在辽东有些摇摆不定的汉人，见到这结果，就更加死心踏地地倒向后金那边去了。
局势如此错综复杂，身为当事人之一的秦王朱由检却全然不知。因为，他已经被一个大浪卷入海中，此刻正与妙香翁主李贞妍坐在一块巨大的船板上，身不由己地被带向未知的远方！