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确立建国思想之后，曾纪泽还对大汉国的国民进行了深入了解，此时在南洋地区的华人，主要是经商的，矿工，多数为流民，都是目不识丁的劳动力，原本都是受人欺负的猪仔，对比以前的生活，所有华人都期待有一个新的政权能让他们翻身，过上好日子。曾纪泽能感到他们的切身利益和希望，他和陈金声能人谋划的新政推行，估计也会顺利，不过以当时大汉国的城市规模和人口结构，共和新政和工商立国的政策无法全面推行，曾纪泽必须要未雨绸缪，脚踏实地一步步走，而改革的第一步，就是要进行军事改革，枪杆子里出政权，这是亘古不变的真理。
人为财死，鸟为食亡。当时的社会，在一个人拥有巨大财富后，又没有强大的武力保护，很容易遭到外人窥探和掠夺，一个国家也是一样的。更不用说处于“全球抢劫”的殖民时代，当婆罗洲是一片原始森林时，没有任何经财富价值时，那些强盗自然不会“撑着”没事干来抢它。但兰芳国经过百年建设，其他华人和荷兰人也开发了这片土地，上面的金矿和矿产，带来了巨额财富。曾纪泽知道，大汉国移民过来再开发一段时间，将婆罗洲建设成一个富裕的地区，肯定会招来英国和法国那些欧洲列强的觊觎，他们就像嗜血的狼，到那时如果没有强大的武力保护，一番努力肯定白费。所以大汉国要想立足南洋地区就必须自力更生，在从广东和江浙地区来了五万移民后，曾纪泽就开始对大汉国的军事力量彻底改革，枪杆子要重新建设。
统一婆罗洲后，曾纪泽拥有的武装，黑旗军加兰芳国的当地华人武装，已经达到二万人，其中经过初级军事训练的人在八千左右，经过战场生死考验的核心战斗人员有四千人。
曾纪泽的华人武装占领婆罗洲后，面临不再是陆地上的威胁，而是来自海上的掠夺，除了列强海军，还有各种海盗，曾纪泽急切需要对华人武装力量进行整编改革，于是他策划了《婆罗洲军事力量建设》指导方案：建立曾纪泽为首的军事指挥机构，包含总参谋部、军事情报部、后勤装备部、大汉军事学院等，并逐步完善各部门机构。建立陆海作战兵种体制，依据当前实际情况，建立陆军、海军两大主要作战力量，陆军包含步兵、炮兵、骑兵、通信兵、工程兵等兵种，海军岸防兵、陆战队等兵种，曾纪泽还建立了特种部队，属于最高领导人曾纪泽亲自指挥，由陆海兵员中选拔军事素质最优秀、最忠诚的兵员组成，四百人，由苏慕白担任特种兵指挥官。
曾纪泽还在岛上建立预备役体制，预备役兵一万人，确保作战兵员及时补充，原来兰芳国就是全民皆兵的制度，这一点并不困难。
以上是曾纪泽的建设军事力量的设想，以当前地资源和条件尚无法一下子建立起来，主要原因缺乏高素质的军事人才。所以曾纪泽决定先建立大汉军事学院，亲自担任校长，以刘永福等黑旗军骨干为教官，重视实践训练。
大汉军事学院以培养青年军官为主要目的，以前曾纪泽粗糙训练黑旗军的方式，也被整理成《青年士官训练指南》，内容重新规范。规定陆军青年士官主要训练：队列、擒敌、战术、体能。
射击训练为练习一百米站卧蹲三姿精度射击，军事学院海军分院多了游泳的科目。
队列训练包括：单兵队列、集团队列、军姿仪表等。
擒敌训练包括：姿势、步伐、拳法、腿法、防击打技术、擒拿等内容。
战术训练包括：单兵战术有卧倒、持枪卧倒、端枪卧到、运动姿势为低姿匍匐、高姿匍匐、侧身匍匐，高姿侧身匍匐、滚进等；集体战术排除阵列对射战术，采用使用的散兵作战小组制，每三至五人为一个战斗小组，分散出击相互配合，进攻时以班排为最小作战单位，依次掩护、交替出击、梯子配置，减少被射击面积，降低伤亡率。
体能训练包括：五公里越野、百米冲刺、蛙跳、俯卧撑、组合体能练习等。
另外还有军事思想教育，为了保证这支军队的绝对控制权，每周五接爱军人的价值教育，包括学习军歌，保密条例，内务条例，队列条例，纪律条例等，其中纪律的第一条就是坚决拥护和执行曾纪泽的命令，保家卫国。
而且曾纪泽在大汉军事学院分科进行兵种专业技能训练，如步兵科：专业训练射击、体能、擒敌、格斗、枪械保养等各种军事技巧。炮兵科：加强炮兵的要求和建设，主要包括炮兵技术训练和炮兵战术训练。技术训练包括炮击、兵器与操作，包括火炮、弹药和技术装备的性能、构造、工作原理和操作使用、维护保养，炮兵侦察测地，炮兵通信，工程保障等。
炮兵战术训练包括：合同战术原则、炮兵战斗基本原则、战斗指挥、战斗保障，攻防作战中炮兵战斗行动和专业兵之间、兵种之间的协同训练。
工兵科：主要是学习遇山开山，缝水架桥，构建营地等。
后勤科：主要是学习如何保障部队或者基地的粮食、水、弹药补给等问题。
军事学院一期招收学员两千名，曾纪泽要求这批人大半来自贫苦华人家庭，还安排了文化课，教这些军官读书识字，他这个校长还亲自去军事学院授课。
曾纪泽成立陆军部，刘永福担任陆军参谋长，陆军编制一万二千人，建制仿照二战时期英军编制，旅下设两个步兵团一个炮营一个通讯连，每团下设三个步兵营一个通讯排，每营下设三个步兵连一个通讯班，每连下设三个步兵排一个5人通讯组，每排下设三个步兵班，每班编9个步兵人员。
海军部八千人，曾纪泽直接指挥，组建三个港口炮台，岸防兵员1500人，大型千吨级蒸汽军舰除了“龙腾号”，在爪哇海战中俘虏的荷兰主力舰也被改造成“龙兴”号，还用五六百吨的商船改造了十来艘炮舰。
不过，大汉国的海军总体实力较弱。不过好在当时资本主义国家奉行自由贸易，国家没有军事限售一说，有黄金白银不只能买到军舰，整支舰队都能买到。一些政府经常做一些卖老舰买新舰的交易，借其他国家急需之际，高价出让本国的现成军舰，比如英国就曾想卖给大清国阿思本舰队：阿思本舰队计有中级兵轮三艘，小级兵轮四艘，造舰武器总经费计八十万两，舰队有七艘在英国购置的军舰，由英国海军上校舍纳德·阿思本为司令，船上六百名军官及水手俱在英国招募。舰队1863年开到天津，但由于舰队的司令和清政府对指挥权、用人及花费等各方面皆出现严重分歧，最终双方解除合约，这支舰队解散，各军舰由阿思本带回伦敦拍卖。
曾纪泽知道战舰可以通过二道贩子来买，完成新一轮军事改制训练后，曾纪泽便派人去欧洲购买武器，并派了一批技术工人，去英国和德国船厂学习建造技术，作为海洋中岛国，面对四周的汪洋大海，海军是必不可少的防卫力量，曾纪泽想与英德签订购舰协议和军火采购协议。这一点，只要有钱，加上有陈金声等华侨商人从中牵线搭桥，并不困难。
当时欧洲各国的军火商，也是唯利是图的。曾纪泽用荷兰人战败赔偿的二十万两白银，加上兰芳国库里的三十万两白银，采购了两艘英国军舰和一大批克虏伯大炮和后膛枪，补充大汉国的军事武装，使得大汉国的军事力量一日千里，当时足够在南洋地区立足。
军事力量大大增强后，曾纪泽决定在大汉国成立专门的移民部，从广东和江浙一带大批运移民到婆罗洲，这时候英法联军占领了广州，抓了两广总督叶名琛，清政府无力控制当地老百姓，加上太平天国的战乱，当地百姓民不聊生，很多人听说大汉国华人地位高，都愿意出海谋生。
很快，大汉国的华人，就达到上百万人，曾纪泽下令免费分给到婆罗洲的华人一定的土地和森林，让他们安家。