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不管王家两兄弟最后的反应如何，“六扇门”的组建基本上便被确认了下来了，接下来就是和内阁以及刑部商量商量“六扇门”的经费、级别以及人数和具体的规章制度了。
第二天朱厚照在早朝上把组建“六扇门”的事情抛了出来试探一下群臣的反映，大出朱厚照的意料，在之前朱厚照还估计到时候肯定有很多的大臣要反对呢，就像当年锦衣卫组建的时候遭到了群臣集体反对一样，但是没想到朱厚照说出了要组建“六扇门”之后虽然还有一小部分的大臣反对，但是大部分的大臣却是赞成了。.
这也是朱厚照和大臣所在的角度不同，朱厚照身为皇上考虑问题的时候总是从自身的角度出发，“六扇门”的组建有很大程度上增加皇权的意味，皇权增加了那么大臣的权力肯定要遭到削弱了，所以他以为一定会有很多人会反对组建“六扇门”的。
但是大臣们的想法却和朱厚照有所不同，在大臣们看来一方面“六扇门”未来的面向的对象已经做出了限制了，就是一个专门负责管理江湖事物的机构并没有插手朝堂的权力，现在大明这样的机构还没有，也就说它的组建并没有直接削弱大臣的权势，而是间接的可能会限制了大臣的权力，比如皇权增加了，那么皇帝在和大臣对抗的时候砝码便多了一个，获胜的机会也就更大了。但是由于它不是直接削弱的。所以大臣们的感受并不明显。甚至有一些人还感受不到。所以站出来反对的那一小波人都是感受到了未来的威胁的人之中的一些人。
但是这只是一种可能，万事便是有利则有弊，什么事情都不是绝对的，“六扇门”的组建有可能会让皇权增加，但是同样的操作得好了也有可能会增加大臣或者内阁的权力。“六扇门”属于新组建的机构，那么它的归属问题也就没有确定而且也没有太多的资料参考。它有可能直属于皇帝，但并不是绝对，如果大臣们努力一点了也有可能把它归属到内部或者兵部、刑部等。那个部门得到了“六扇门”了那不就可能会增加自己的权力吗。就像李东阳和谢迁两人一听说要组建“六扇门”了赶紧站出来支持，不就是打算着把它归属到内阁里面吗，到时候内阁便可以进一步增加自己的权力甚至彻底的压倒六部。
当然这事是有着自己打算的人的想法。对于大部分的大臣来说他们支持组建“六扇门”的理由很简单，就是因为他们认为现在朝廷确实有组建这样的一个用来管理武林江湖的部门。这些年来江湖上越来越不太平，相互之间的冲突和仇杀也越来越多，这些大臣大都是文官。对于这种行为早就看不惯了，因此有个可以约束一下的部门也有好处。
想要把“六扇门”控制在手中的不在少数，朱厚照作为“六扇门”组建的提出者与规划者当然希望能够把这个部门把握在手中了，不过能不能如愿就不一定了。而内阁的李东阳和谢迁也想要控制住“六扇门”，除此之外刑部、兵部甚至是吏部也都想要掌握了“六扇门”。
最后一番博弈，吏部最先被剔除，主要是大多数人认为吏部是掌管天下官员的升迁呢，在加上一个这样的有点江湖性质的机构有点不伦不类了。所以除了吏部的人之外其他的人十分一致的反对。
吏部被派出了之后马上的兵部和刑部也被剔出去了。刘大夏一说要把“六扇门”归属到兵部，立马就有人提出来如果兵部能够把五城兵马指挥司让出来他们就支持把六扇门归属到兵部。刘大夏自然不愿意了，为了一个六扇门还不足以让他把掌管京城治安的五城兵马指挥司让出来呢。
单从六扇门的性质上来说刑部是最有希望得到六扇门的。六扇门管理天下江湖帮派的刑罚其实就和刑部做的事情以及性质差不多，所以看起来把六扇门归属到刑部是最合适的。然而李东阳和谢迁两人却极力反对，两人认为如果把六扇门归属到刑部势必会打破六部之间的平衡，如果让刑部压倒了其他五部的话势必会引起朝堂的不稳定。谁让刑部尚闵圭不在这呢，几个刑部侍郎毕竟官职不够再争也争不过两个内阁大臣。
最后只剩下朱厚照和内阁再争了，内阁虽说有权处理朝中的大部分事情，但是有一个前提那就是其他的六部等部门听你的政令，要是人家不理睬你或者暗地里敷衍你内阁也只能哑巴吃黄连了，说到底这个时候的内阁还只是一个建议性质的机构，他并没有自己可以调动的强力机构来保障自己的政令行得通。人家在乎你了你是个事。不在乎你了什么都不是。但是如果有了六扇门那就不一样了，虽说六扇门是一个面向江湖门派的机构，但它毕竟是一个掌握了武力的部门，有了它可以在一定程度上增加内阁的权威。
内阁想要朱厚照自然不同意了，我自己谋划了这么长时间好不容易把人给找的差不多了。都给你了那我不是白忙活了吗。最后朱厚照和内阁争来争去还是马文升站出来想了个折中的办法，双方共有。让六扇门归属到内阁。但是六扇门的指挥使的人选却由朱厚照亲自指定并且可以任免。
最大的归属的问题确定了，其他的就好办了，趁热打铁，朱厚照直接和内阁把六扇门的级别以及经费等确定了下来了。
最后六扇门被定为了正三品衔，职务仿照锦衣卫，设置六扇门指挥使一名，为正三品。指挥同知两名，从三品，其中一人负责天天、玄二部事务。另外一人负责地、黄二部事务、指挥佥事三人。为正四品，专门负责审核四部事物并负责监督六扇门，有权直接向内阁或者皇上禀报内情。在指挥佥事之下是天、地、玄、黄四部镇抚使，为从四品，每一部辖协三个秘密小组负责具体的事物。同时六扇门成立暗杀部以及刑罚部直属六扇门指挥使管辖。
其中指挥使和指挥佥事由皇上直接任免，其余职务一律由内阁任免。每一年六扇门的经费由内阁和户部负责协商，第一年为了组建完善的六扇门特意由户部出资三十万两白银。
六扇门的职务被规定为专门负责管理天下所有江湖门派、负责登记在册、举行活动、协商矛盾、处置威胁国家安定的武林人员以及刺杀等。同时刑部每年处理不了的案件也交由六扇门处理，六扇门可根据情况选择抓捕或者刺杀，每次行动必须提经指挥佥事负责审核。同时刑部也需要派人进入六扇门完善与六扇门相适应的法律法规，六扇门内部有违法人员交由内阁处理。
三天后在无数人的关注之中六扇门正式成立。原锦衣卫指挥使牟斌调离锦衣卫负责组建六扇门，这也算是让牟斌干回老本行了，牟斌本来便是一位武林高手，现在由他负责最合适不过了。而早已在京城等待朱厚照多时的林江峰成立暗杀部主事。而王超辉则成了天部镇抚使。其余官职空缺则有牟斌负责报以朱厚照和内阁共同审批。
六扇门的成立在天下引起了巨大的影响，以前那些武林人士向来仗着自己武功高强无法无天，行事肆无忌惮。现在一听说朝廷要成立一个专门管理他们的部门，便引起了很多江湖人物的不满与挑衅。一时间有很多江湖人物在外面肆无忌惮的攻击朝廷更有甚者还专门来到京城点名挑战王超辉和牟斌等人。不过很快这些人便发现自己是多么的渺小与愚蠢了，在强大的国家机器面前他么那一点武力根本就不值一提。
当然也有看的明白的，有一些门派的掌门人知道这是朝廷对于江湖门派以往的作风不满了，而且即便是他们不满也没有什么用，遭受过无数次打压的他们知道所有的反抗都是徒劳的，既然这样还不如听命行事说不定还会得到朝廷的扶持呢。所以六扇门成立了之后每天既有人前来挑衅，但是也有一些门派专门派出了门下的子弟前来京城要求进入六扇门为朝廷做贡献。对于这些识时务的门派。牟斌当然是来者不拒统统安排到了六扇门里面。
在朱厚照和内阁大力支持，户部全力出银子、数十个门派投效之下六扇门经过了半个月的组建终于开始发挥自己作用了。
第一刀牟斌便将屠刀挥向了前段时间那些前来挑衅的人极其后面的门派身上。牟斌亲自率队六扇门全力出动凡是值钱挑衅过六扇门的武林人士不是被杀就是被抓进大牢，而那些人身后的门派也同样没有幸免，对于门派较小的牟斌就直接打上去，门派较大的便请求朝廷派遣军队协助，一时间六扇门开始横扫江湖，一直到第二年春季的时候几乎所有的门派都向六扇门臣服表示愿意服从管理之后这场风暴才落下了帷幕。
虽然在这一过程之中有很多门派遭到了毁灭性的打击，有很多武林人士或死或被关进大牢，但是对于整个大明的武林界来说这确实真正的繁荣的开始。在六扇门成立之前的江湖便是有明以来最繁盛的时候，不管是明朝的其他时候或者是其他的朝代的时候。最繁荣的也和那时差不多，因为历朝历代朝廷对待武林人士的方法都是以打击为主，只要武林门派势大了朝廷便开始打击，所以以前虽然那些个武林门派也有兴盛的时候，但是却都不能六扇门成立了之后相媲美。
在将所有的武林门派全都登记在册之后六扇门便开始了规范武林的第一步。第一步便是身份的确认。明代每个人都有户籍。不过这些户籍太普通了根本不能从中看出来具体的身份，所以为了将武林人士区别开来六扇门仿照朝廷僧录司和道录司管理和尚以及道士的方法也专门弄出来了一个和和尚、道士的度牒一样的东西。称为武牒。每一个行走江湖的人士都必须具有一个可以证明自己身份的武牒，不但六扇门凭着这这个武牒区分身份，就是武林人士也可以凭借着这个武牒到各地六扇门的机构里面寻求帮助。此举一举将整个江湖门派以及江湖人士规范化、正规化了。
除了负责管理江湖门派、江湖纠纷之外六扇门还肩负着推广武术的重任。整个大明各种大小门派不下千个，这么多的门派各有各的特长，各有各的优势，六扇门的一个重要任务便是将这些全都记录下来而且还要安排专人来将各家特长糅合在一起以便创造出一套身兼多家所长的武术并用于推广。同时六扇门还根据各门派的不同情况协助和引导各门各派在全国各地开设武官用以推广各自的武学。
除此之外在朱厚照的授意之下六扇门还要在大明举办一个覆盖全大明的武林大赛。这个武林大赛四年举办一次，每一次举办的地点不定，项目涵盖日常常见的各项兵器以及武学。每一次参赛资格不限，只要具有武牒的人便可以报名参加，在大赛的前一年六扇门会负责在全国各地举办预选赛以挑选选手参加最后的决赛。
自从四年一度的武学大赛开始举办以来，武学之风便在大明大盛，全国各地的武官如同雨后春笋一般冒了出来，而且为了达到全面习武强身的目的各地招手学徒只看重品德而不看重资质，以至于二十年后大明习武之人十之四五，而达到一定水平申请了武牒的人更是多达百万人之多。每四年一度的武林大赛更是吸引了数千万人次的观看。
不过这都是以后的事情，现在的六扇门才刚刚组建还没有显现出来他的威力呢。
牟斌离开了锦衣卫之后在锦衣卫还是引起了一阵轰动。不管之前多少人对牟斌不满，但是毕竟牟斌已经当了近二十年的锦衣卫指挥使了，现在锦衣卫里那一个人不是他看着一步一步成长起来的，所以当牟斌走了时候锦衣卫里很多人还是在牟斌面前留下了不舍的眼泪。
牟斌走了之后锦衣卫经过短暂的平静便热闹了起来了，近二十年了，锦衣卫在牟斌的压制之下都快比国子监的人还要君子了，现在没了人约束了，一下子锦衣卫里的大多数人便开始打起了外面人的主意了。
而同时在锦衣卫的高层，一番由于指挥使的位置引发的争斗也迅速展开，牟斌走了之后不知道什么原因并没有新的指挥使被派遣过来。，也就是锦衣卫指挥使的位置空缺了，一下子很多人便坐不住了，两个指挥同知、两个指挥佥事甚至就连南北镇抚使都加入到了抢夺指挥使的位置的行列了。