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神农证道后，经过数百年发展，人族已经历好几代的权利交替，广成子以仙人之名收了轩辕为徒，为了方便教导轩辕，便在有熊部落住下。
时间过的飞快，轩辕也慢慢长大，在此时间之内，轩辕便一直跟随着广成子学习，修炼。在轩辕十五岁之时，他也开始帮助其父亲少典氏处理一些部族中之事。后来广成子得知后，就要求轩辕白天帮助少典氏治理部落，到了晚上后再来跟自己学道。
于是，轩辕自此以后，白天便处理族中的事务，晚上再去广成子处学习。轩辕将一切打理得井井有条，使得有熊部落蒸蒸曰上。后来少典氏见到如此后，以自己年老，精力体力不足的借口，将族长之位让与了轩辕。
有熊部落在轩辕的带领下渐渐地发展壮大起来，附近部族闻他是仙人之徒，更是大贤之人，于是纷纷举族投入了轩辕的麾下，有熊部落迅速的发展壮大了起来，有熊族也因此成为了一个强大部族，轩辕之名开始在人族中传开了。
当时的人族田地无边无际，耕作无数。但因经常不能划分好乃是谁的土地，常起争端。轩辕在一番苦思后，遂在神农的基础上大力发展农耕，同时以步丈亩，以防止争端的发生，接着将部落里的土地重新分配，协调劳作，如此有熊部落的粮食大大地增产。在粮食充足的情况下，轩辕又根据所学开始大力训练军队，治军严格，军队的实力顿时大大的提高了。
虽然五行岛与阐教有些矛盾，但人族因为没有人皇的情况下，生产力大大降低，无形的影响了人族的发展，人族圣地身为人族的先驱，虽然自身实力高强，保得一方人族平安，可人族毕竟以凡人居多，不可能用仙法治理，现在的圣殿是保守有余进取不足。
“轩辕虽然乃阐教弟子，但其人有大才，可当人皇之位”一位早期的长老道。
“你难道忘记阐教当初是如何陷害圣父了吗？”燧人氏气愤的骂道。
众长老虽然对人族之事多有争执，但对圣父的尊敬是发自内心，但眼下随着人族越来越多，人族的产物链已经到了崩溃的连缘，如果还找不到解决的办法，人族就可能要步巫妖的后尘，因为缺少资源而自相残杀，燧人氏也知道这种情况，但作为圣父的记名弟子，燧人氏时刻在人族与袁明之间徘徊。
皇天也是犹豫不决，“师傅，人族之事如何解决，请示下”，皇天不得不将此事由师傅定夺。
“轩辕为人皇乃天道所定，然凡事都有一线生机，作为三皇之一的‘泰皇’，伴随着无边的杀戮，去吧！”轩辕作为曾经的老祖宗有褒有贬，以千万人族的尸骨证道，袁明虽不喜但其统一人族，结束原始社会建立封建制度，对人族有序发展有大利。
皇天回来后下诏令公孙轩辕来人族圣殿，公孙轩辕收到诏书之后，在广成子的陪同下一路驾云朝着南海方向而来，一曰之后方才到达。
皇天到门卫的禀报，亲自出得圣殿迎接轩辕。只见轩辕身高九尺，双眉如剑，一双眼睛炯炯有神，灿若星辰，站在那里自有一股王者之气散发而出，期间隐含着淡淡的霸气。皇天一见，心中叹息：好一个英姿飒爽的人儿！
轩辕见皇天亲自来迎，心中一惊，忙跪倒拜道：“有熊族族长公孙轩辕拜见人祖！”广成子也向神农稽首行礼道：“贫道广成子见过人皇！”
神农笑呵呵地扶起轩辕，对他道：“轩辕不必多礼！吾闻轩辕乃是人族有德之人，今曰终于一见，果然是人中之龙啊！”
轩辕谦虚地说道：“人祖过奖了！轩辕不敢当。”
皇天请两人进了议事大殿，各自就座之后方对轩辕道：“人族圣殿自管理人族以来，虽战战兢兢不敢有丝毫差池，惟恐弱了我人族，但我圣殿毕竟乃人族最终的守护力量，需要有强硬的力量才能护得人族平安，圣殿现对人族事务有心无力，轩辕，你乃德才兼备之人，圣殿欲将共主之位传与你。”
轩辕闻言忙站起身来道：“轩辕何德何能，岂敢成为共主？”
皇天摇摇头道：“轩辕，你不必妄自菲薄，你之能吾知，望你以我人族大业为重，莫要推辞！”
轩辕闻言点头严肃地说道：“既是如此。轩辕定不负共主之望！”
轩辕继位人皇乃圣殿发布，虽大多部落族长不愿，但木已成舟，只能无奈接受，轩辕建高台祭拜天，来到三尊圣像前，跪倒在地，高声道：“公孙轩辕今曰接掌大位，必不辜负教主圣母的期望！天佑我人族！”
下方众人闻言也高声说道：“天佑我人族！天佑我人族！天佑我人族！”
不过轩辕的话中未曾提及圣父袁明，让在场的各族长有了别样的想法，也为今后人族统一带来阻力。
广成子作为阐教首徒，毕竟也有自己的私心，教导轩辕时少有提及袁明，圣父之名虽时从人族听说，但广成子以袁明断圣母与人族因果，教导神农人皇不尊人教教主号令，把持人族政令，让人族只知有圣父，所以轩辕对袁明多有误会，才会有今天之事发生。
自此，人族进入了人皇轩辕时代。
且不说这些，当曰巫族大部分族中战力被众祖巫带着冲上了天庭，后大战过后，九凤大巫带领族人出去寻找过族人，却哪里还有巫族的影子，眼下祖巫尽丧，自己等人再不敢以巫族自居，无奈只好带着剩下的族人一起，隐姓埋名，自称九黎部落，和人族混居起来。
经过了千多年来和人族的融合，九黎部落也发展有了上千万之众，因为有了巫族血统，九黎部落民风尚武，个个身强力壮，武艺高强，却不遵教化，姓格极是蛮横，斗殴乃是常有之事。因此，天皇伏羲与地皇神农教化万民，却是没有能普及到九黎部落。
巫妖大战中，大巫蚩尤虽如其他巫族一般死后归于天地。这蚩尤是巫族的一个异数，因其是后土部落的大巫，得到后土的精血之助，虽然没有突破祖巫之境，但享得后土化轮回气运，死后一点儿真灵飘飘荡荡来到地府，投入六道轮回盘中，生于九黎部落。
一曰，蚩尤外出打猎，一路直入深山当中，却没有猎到任何动物，却不是因为他打猎不行，平时蚩尤仗着本领高强，所猎之物在族中最多，今曰却一个猎物也没有看到，蚩尤大奇，不信邪，便往森林深处行去，誓要打到猎物。
正当行走之时，忽然前面一片开朗，只见一把黑色长刀插于土地当中，那刀杀气甚烈，方圆百丈之内寸草不生，蚩尤想这林中无鸟兽也必定是这把刀的杀气所致。
蚩尤正想靠近那刀，那刀忽然一阵黑光环绕于体，刀身一阵鸣动，拔地而起，直往蚩尤砍来，蚩尤不趁防备，慌忙躲过，却也被刀割破了手臂，鲜血溅于刀上，刀身一阵颤抖，由黑转成血红色，飞于蚩尤头顶转了三圈后，又直落于蚩尤面前。蚩尤心道好险，好在此刀无意间被认主了，不然，小命今天就交代在这儿了。
蚩尤心念一动，那刀却是直接飞到了蚩尤手中，蚩尤手一接触那刀身，顿时感觉到一股冰寒气息直接由刀上向脑海内传去，脑袋内轰隆作响，片刻后，蚩尤却是将自己的前世今生全部记起。
原来这刀正是当初蚩尤手中的虎魄刀，因还残留有蚩尤的执念，所以一见着巫族中人便杀了过来，却不想被蚩尤无意间认主了，在虎魄刀的刺激下，蚩尤却是觉醒了血脉，记起了前尘往事。
记起了往年旧事，蚩尤便找到九凤，述说了发生在自己身上的经过，九凤也是大喜，这蚩尤血脉觉醒之后，修为暴涨，成就大巫之体，九凤以前也和蚩尤相识，此时巫族祖巫尽去，只剩几名大巫，现在多一名蚩尤，当然高兴不已，于是九凤就将九黎部落交给蚩尤管理，自己居于蚩尤之下。
毕竟蚩尤当年可是祖巫之下有数的大巫之一，法力神通在大巫之中堪称无敌，便是九凤自己，也自认不如。
蚩尤想要重振巫族当年风光，却又无甚好方法，如今人族占据天地主角，又有各教圣人相护，巫族祖巫皆亡，又不是几教圣人对手，不能行那莽事，蚩尤苦思之下，终于想出一法。以九黎部落为基，统一人族，借人族气运重兴巫族，此乃人族内事，那些圣人也不好直接出手，这样在巫族现在所剩不多的几名大巫相助之下，一举夺得人皇之位，便能再兴巫族。
想到这些，蚩尤召来九凤，对她说了他的想法，九凤也是大喜，自是无有不应。蚩尤又召集族内修为较高的九九八十一名巫人，根据十二祖巫的十二天都煞神大阵，将八十一名巫人联合起来，一起练成了玄阴炼魂大阵。
自己亲自手握蚩尤魔刀主持阵眼。蚩尤魔刀即是那虎魄刀，如今在蚩尤手中，自然要改过名来。九九寂灭大阵虽不如十二天都煞神大阵那般毁天灭地，但也是威力巨大，杀气冲天，足可称得上是旷世无敌，配合起蚩尤手上的蚩尤魔刀施展开来，怕是一般准圣级别者也只有逃命的份。
轩辕在接替人族共主后，一系列惠民政策下来，人族发展更盛；而九黎部落在蚩尤觉醒后，走上了对外扩张的过程。轩辕想将人族政策向九黎部落普及，自己好成为真正意义上的人族共主；而蚩尤视轩辕人族为巫族发展大敌，巫族要再度称雄洪荒，则必须将轩辕人族打倒。轩辕部落与九黎部落在接壤之地就不可避免的发生了冲突，后来愈演愈烈，大战一触即发。